Objavljeno 10. srpnja, 2014.
Pakozdi je na posljednjoj godini doktorskog programa u njemačkom Heidelbergu
Mladi hrvatski znanstvenik, 26-godišnji Osječanin Tibor Pakozdi, objavio je važno otkriće iz organizacije genoma u najvažnijem modelnom organizmu u genetici, a rad je objavljen 2. srpnja, u znanstvenom časopisu Nature.
Ovo je izniman uspjeh mladog Osječanina koji je kandidat na posljednjoj godini doktorskog programa na European Molecular Biology Laboratory (EMBL), u njemačkom Heidelbergu. Tibor Pakozdi iz Osijeka je nakon završene srednje škole - Gimnazije Gaudeamus, diplomirao u području bioinformatike i računalne biologije na Jacobs University u Bremenu.
Časopis Nature inače se uzima za najutjecajniji znanstveni časopis na svijetu koji je, između ostaloga, objavio otkrića neutrona, strukture DNA i ljudskog genoma.
Kako nam je pojasnio Pakozdi, da bi se razumjeli mehanizmi koji uzrokuju ljudske bolesti, znanstvenici često koriste modelne organizme poput vinske mušice, koja je korištena i u ovoj publikaciji. Unatoč 600 milijuna godina evolucijske udaljenosti, takvi biološki sustavi mogu se manipulirati kako bi se pronašli geni koji su kritični za razumijevanje ljudskih bolesti, kako bi se istražio razvoj organa tijekom embrionalnog razvoja, ili pronašli potencijalni lijekovi. Ovo otkriće velike biološke sličnosti u evolucijski udaljenim organizmima otvara nove mogućnosti u medicinski primjenjivom istraživanju.
Rad pod nazivom “Enhancer loops appear stable during development and are associated with paused polymerase”, bavi se dijelovima genoma nazvanim “pojačivači”, koji su osnovni element za naše razumijevanje razvojnih mreža, evolucije i razvoja bolesti.
Dva su važna otkrića iz znanstvenog rada Tibora Pakozdija koja će značajno promijeniti područje razvojne biologije: 3D-organizacija genoma kod jednog od najčešće korištenog organizma u genetici - vinske mušice, sadrži mnogo više vrlo dugih veza između pojačivača i njihovih ciljnih gena nego što se dosad mislilo unutar malog i kompaktnog genoma. Ovo je jedan od prvih dokaza da je opća organizacija DNK evolucijski sačuvana od ljudi do kukaca. Iz drugog otkrića proizilazi da iako tijekom embrionalnog razvoja dolazi do velikih promjena u aktivnosti gena koji određuju hoće li tkivo postati dio živčanog, srčanog ili probavnog sustava, DNK kontakti između gena i pojačivača u većini se slučajeva ne mijenjaju te su prisutni i prije nego što gen postane aktivan.
Igor MIKULIĆ
Učenik Gimnazije Gaudeamus
Tibor Pakozdi završio je Gimnaziju Gaudeamus u Osijeku, gdje ga se dobro sjećaju kao jednog od odličnih učenika koji su tijekom obrazovanja usmjeravani na nastavak obrazovanja u području svoga interesa.
- Usmjeravali smo Tibora u smjeru za koji pokazuje posebno zanimanje i ponosni smo što, zahvaljujući i našem radu, on danas vrhunski koristi svoj potencijal. Premda je to bilo prije deset godina, točno znam što je Tibor, baš kao i svi drugi učenici koji su pohađali našu gimnaziju, radili u to vrijeme. Bio je jedan od sudionika na prvom našem projektu zahvaljujući kojemu smo povukli 3,5 milijuna eura iz EU fondova. Bio je izuzetno fokusiran na ono što radi. Sjećam se da je radio početni dio - analizu situacije (swot analizu) u našem projektu istraživanja turističkih potencijala Slavonije i odlično je to napravio. Najbolji dokaz za to su sredstva koja smo povukli od Europske unije, kazao nam je Saša Šakić, razvojni manadžer i osnivač Gaudeamusa.
Otkrića omogućena velikim promjenama u biologiji
Otkrića koja su objavljena u publikaciji omogućena su revolucionarnim promjenama u modernoj biologiji koja su potaknuta digitalizacijom i masovnim prikupljanjem podataka od 2009. godine. Prethodno su istraživanja zahtijevala dugotrajan rad na vrlo specifičnim temama, dok se danas zbog tehnologije sekvenciranja nove generacije mogu napraviti tisuće eksperimenata u vrlo kratkom vremenskom razdoblju te se može dobiti uvid u globalnu sliku bioloških procesa. Primjena ove tehnologije iziskuje odlično poznavanje kvantitativne analize podataka, uključujući područja iz računalne znanosti, biotehnologije i statistike, a upravo je primjena kvantitativnih tehnika bila glavna uloga Pakozdija u objavljenom članku.