U posljednje vrijeme u djelokrugu rada Hrvatskih voda posebno je značajno i navodnjavanje. Kad je Slavonija i Baranja u pitanju, radi se o možda najvažnijem gospodarskom segmentu - poljoprivrednoj proizvodnji koja se temelji na iskorištavanju prirodnih potencijala, umjerene klime, povoljnog tla za navodnjavanje i bogatih vodnih resursa. Hrvatske vode, zajedno sa županom Anušićem i Osječko-baranjskom županijom, pripremaju i provode više projekata. Do sada su u pripremu projektne dokumentacije za deset projekata sustava javnog navodnjavanja na gotovo 8000 ha zajedno uložile iznos od 18.910.303,29 kn.

Izgradnja tako pripremljenih projekata financira se u stopostotnom iznosu sredstvima EU-a preko nadležnog ministarstva i Agencije za plaćanje u poljoprivredi. U ovom trenutku tri su projekta prijavljena i odobrena za sufinanciranje iz Programa ruralnog razvoja Republike Hrvatske za razdoblje 2014. – 2020. Riječ je o sljedećim sustavima navodnjavanja: Budimci -Krndija - 600 ha, Mala šuma - Veliki vrt (pored Laslova) - 78 ha i Poljoprivredni institut Osijek – 165 ha. Ukupna vrijednost odobrenih investicija iznosi 50 milijuna kuna.

Osim ovih zatvorenih (tlačnih) sustava navodnjavanja, koje je moguće financirati iz fondova EU-a, Hrvatske vode i Osječko-baranjska županija razvijaju i mješovite sustave navodnjavanja, koji su osim navodnjavanja i u funkciji melioracijske odvodnje i zaštite od štetnog djelovanja voda.

Na području Osječko-baranjske županije u funkciji je mješoviti sustav navodnjavanja Baranja na Lateralnom kanalu Kneževi Vinogradi-Zmajevac ukupne površine 5000 ha.

Osječko-baranjska županija i Hrvatske vode trenutno financiraju mješoviti sustav navodnjavanja Puškaš, koji će se rekonstrukcijom i dogradnjom povećati na 916 ha s perspektivom širenja na dodatnih 750 ha poljoprivrednih površina. Ukupna vrijednost investicije je približno 18 milijuna kuna.